استند محمد على فى وصوله إلى الحكم إلى نظرية «قدرية الملك»، واختار من تراث الحكم فى الإسلام ما يناسبه وهو يؤسس للنظرية. ووجد فى تجربة الحكم الإسلامى منذ العصر الأموى ما يسند رؤيته ويدعم نظرته، وذلك فى نماذج الخلفاء الذى جلسوا على كراسى الملك بالغلبة، واعتمدوا على توريث الحكم لأولادهم من بعدهم.

وقد شاء الوالى، بعد أن استتب له أمر البلاد، وتخلص من كل خصومه السياسيين، من مماليك وزعامات شعبية، أن يسير بها نحو نظم العمل والإدارة فى المجتمعات الغربية، فنظّم الدواوين، وأنشأ الديوان الخديوى، وأعد الأدوات التى تساعده على خدمة أهدافه الخارجية فى التوسع، ومد ظلال ملكه إلى ما وراء وادى النيل، وتمكنه على المستوى الداخلى من السيطرة على كل صغيرة وكبيرة فى البلاد، وأوجد التعليم المدنى والمدارس التى تلقنه للأجيال الجديدة، إلى جوار المدارس الدينية الموروثة عن العصرين المملوكى والعثمانى، والتى استخدمت كأداة للسيطرة الناعمة على الأهالى، من خلال من تخرجهم من علماء دين يغدق عليهم نظام الحكم المال كى يوظفهم فى بناء الشعبية.

موقف محمد على من الدين كان موقفاً معتدلاً. يقول إلياس الأيوبى فى كتابه عن «محمد على»: «كان الوالى مسلماً مخلصاً فى دينه، يقوم بأداء فرائضه بكل نشاط، لكنه لم يكن بالمغرق فى عبادته، ولا بما يدعوه الغربيون متعصباً، بل كان واسع الصدر جداً لجميع الأديان». وحقيقة الأمر أن الوالى لم يكن يحكمه إلا مصالحه، ينسى مسألة الدين حيث حضرت المصلحة، ويستدعى تدينه وإسلامه حين يكون فى ذلك خدمة لمصالحه. بعبارة أخرى تمتع محمد على بـ«نظرة عملية إلى الدين» كأداة من أدوات إدارة الدولة.

يشهد على ذلك على سبيل المثال تغذيته للاتجاه المعارض لتحالف المماليك مع الإنجليز خلال حملتهم على مصر عام 1807. كان الأمير محمد بك الألفى الضرس السياسى والعسكرى الشهير فى ذلك العصر قد استدعى الإنجليز -وكانت علاقته بهم قوية- لدخول مصر ومعاونته فى الإطاحة بمحمد على، لكنهم حضروا بعد وفاته فبادر المماليك الألفية إلى محاولة إقناع غيرهم بضرورة التعاون مع الإنجليز ضد الوالى، لكن موقفهم هذا وُوجه من جانب أكبر طرف مؤيد لمحمد على فى ذلك الوقت وهو طرف المشايخ.

يحكى الجبرتى أن المشايخ نصحوا المماليك بعدم الانخداع بالإنجليز وبكلامهم عن أنهم جاءوا لنصرتهم باستدعاء من «الألفى» وقالوا إن حالهم ليس كحال الفرنساوية، فإن الفرنساوية لا يتدينون بدين، ويقولون بالحرية والتسوية (المساواة)، وأما هؤلاء الإنجليز فإنهم نصارى على دينهم ولا تخفى عليهم الأديان، ولا يصح الانتصار بغير المسلمين على المسلمين.

استمع المماليك الألفية إلى كلام المشايخ ودفاعهم عن محمد على كاملاً ثم علقوا قائلين: «كل ما قلتموه وأبديتموه نعلمه، ولو تحقق الأمن والصدق من مرسلكم -يقصدون محمد على- ما حصل منا خلاف ولحاربنا وقاتلنا بين يديه ولكنه غدار لا يفى بعهد ولا بوعد ولا يبر فى يمين ولا يصدق فى قول».